I perioden 1572 – 1631 var øen kongelig vildtbane og under svenskekrigen (1658) blev der nedlagt store mængder råvildt på øen. Det tyder på en høj skovprocent tidligere, og i 1697 var det område, der stadig den dag i dag hedder Vesterskov, skovbevokset med 148 tdr. land.
Bogø var krongods i perioden 1348 til 1769, men i 1769 blev øen løskøbt af øens bønder, og på det tidspunkt var øen meget forarmet. Købet finansieredes næsten udelukkende ved at borthugge Vesterskov, hvis træ på det tidspunkt blev solgt for 17.000 rigsdaler og sejlet til København hvor det blev brugt til skibsbygning.
Østerskov blev imidlertid bevaret og værnet om, selvom den ved løskøbelsen var næsten hugget ned. Den har givetvis været øboernes stolthed, og Bogøs bylaug gav omhyggelige retningslinjer for, hvem der måtte hugge gærdsel hvor.
Skoven forblev i fælleseje, men med skovloven 1805 blev skovene i Danmark påbudt udskiftning, således at hver ejer fik sit skovdistrikt inden 1. januar 1811. Det nære fællesskab mellem øens beboere betød, at skovejerne ikke var særlig interesserede i denne “privatisering” af fælles ejendom.
I 1809 krævede nogle af ejerne imidlertid udskiftning, medens andre modsatte sig. Amtmanden, Danneskjold Samsøe og skovrider Schwein, Petersgård, støttede de sidstnævnte, sagen verserede indtil 1816, og Schweins indberetning om, at “skoven ved at deles i ligså mange Lodder, som der er Ejere, vil gå sin visse Undergang i Møde” har sikkert været afgørende for, at rentekammeret og amtmanden blev enige om, at fredsskoven måtte “fremdeles forblive i Fællesskab mellem Ejerne, dog at den for Fremtiden nøjagtigere behandles efter en Plan, som nærmere bliver af Lodsejerne efter Overlæg med en forstkyndig Mand, og derefter af Kammeret approberes”. Siden har skoven, som en af landets eneste, hvilet i fælleseje. I 1846 blev parthaverne i Østerskov tillagt skovskyldshartkorn.
Fra tiden før løskøbelsen stammer karmærkerne, også kaldet “Kallemærkerne”, hvoraf de 29 helgårde havde hvert sit mærke. Disse karmærker består fortrinsvis af rette streger og forestiller ting, som man daglig havde for øje; de brugtes til at sætte som ejernes mærke i forskelligt værktøj og husgeråd, samt til at mærke det træ med, som hver enkelt fik tildelt i skoven.
En mindesten for øens løskøbelse, hvor disse karmærker er indhugget, står på venstre side af Østerskovvej umiddelbart efter skovfogedhuset.
Læs mere om karmærker og øens historie på https://sites.google.com/view/bogoehistorie
Bogø Skov har været under forstlig ekspertise siden 1816.
Først af skiftende skovriddere på Petersgård frem til 1872, hvor man ansatte Mathias Ernst Jakobsen som den første skovfoged. Han blev i 1917 afløst af skovfoged Johannes Ladefoged, som igen blev afløst i 1962 af skovfoged Børge Ingemann Jensen. Skovens nuværende Skovfoged Bjarne Frost Jensen blev ansat i 1992.
Af naturkatastrofer bør nævnes stormfloden i 1872 hvor vandet i lang tid stod mindst 6½ fod, ca. 2 meter, over normalen, dette har måske været medvirkende til, at skoven var ret massefattig op imod århundredeskiftet (i 1889 var massen reelt kun det halve af, hvad den er i dag). I 1967 blev skoven ramt af voldsomme storme i februar og oktober, hvorved der skete et stormfald på over 6.000 m3, hvilket svarede til mindst 10 års almindelig hugst. Det var især de nordlige og østlige dele af skoven der blev ramt.
Bogø Skov var oprindelig opdelt i 30 anparter; 29 helgårde + præstegården. Gennem årene er der sket en opdeling, dels ved frasalg dels ved arv, således at der i dag er ca. 100 ejere.
